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Taming the Genetic Fire: Transposable Element diversity across thermal environments in polychaetes
该研究以多毛类环节动物为模型，揭示了热环境的不稳定性会抑制转座元件的多样性，表明转座元件多样性可能受到自然选择的调节，以平衡由热胁迫诱导的转座激活与维持基因组整体突变率之间的稳态。
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350 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
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Parallel evolution of industrial melanism in the peppered moth: one locus, many alleles
该研究揭示了英国和欧洲大陆工业黑化现象虽均由同一基因（ivory）的变异驱动，但分别由不同的转座子插入和缺失等结构变异（如英国的 carb-TE 和欧洲的 sollichau）独立演化而来，表明同一适应性性状在物种内可存在多种遗传起源。
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Geomorphic evolution of a Caribbean biological hotspot
该研究通过整合高分辨率地形数据与海平面模型，重构了巴拿马博卡斯德尔托罗群岛的地质演化历史，揭示了全新世以来岛屿隔离与浅海生境扩张的动态过程，并证实岛屿面积、海拔及隔离后的累积生境可用性是解释陆生脊椎动物多样性的关键因素，从而为理解大陆架群岛的生态演化提供了时间校准框架。
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Convergent evolution through independent rearrangements in the primate amylase locus
该研究利用 53 种灵长类物种的高质量基因组数据，揭示了灵长类淀粉酶基因座通过独立的重复事件（由长末端重复逆转录转座子插入引发结构不稳定性，随后由非等位同源重组驱动）在不同谱系中发生了趋同进化，导致胰腺和唾液腺中的表达模式趋同及功能分化。
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Benchmarking Geometric Morphometric Methods: A Performance Evaluation for Gastropod Shell Shape Analyses
该研究利用多态性显著的滨螺（*Littorina saxatilis*）作为模型，系统评估并比较了椭圆傅里叶分析、基于地标点的几何形态测量学以及基于生长模型的 ShellShaper 三种方法在聚类能力、生物学可解释性及稳健性等方面的表现，从而为不同研究目标下的形态分析方法选择提供了明确指南。
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Annelid eye evolution revealed by developmental, ultrastructural, and connectome analyses of cerebral eyes in Malacoceros fuliginosus
该研究通过整合发育、分子、超微结构及连接组学分析，揭示了多毛类环节动物*Malacoceros fuliginosus*的脑眼均为表达保守转录因子和不同神经递质的简单倒置视杆眼，且其发育模式与神经投射特征支持了环节动物祖先脑眼在演化早期发生 duplication 从而形成具有阶段特异性功能的多对脑眼的假说。
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Frequency-dependent fitness effects are ubiquitous
该研究利用大肠杆菌长期进化实验，通过高通量竞争实验发现，即使在简化的微生物种群中，适应性突变也普遍存在（约 80%）且多为负频率依赖的效应，这种效应随突变频率变化而改变，并揭示了其可预测性及对进化轨迹的根本性影响。
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Divergence in the Pelagic Zone: Genomic Signatures of Speciation and Adaptation in the Ctenophore Mnemiopsis
该研究通过生成两个近染色体水平的基因组并运用多种分析方法，揭示了美国大西洋沿岸原本被统称为海栉水母（*Mnemiopsis leidyi*）的生物实际上包含两个在更新世中期至晚期开始分化、并受冰川后海洋环境变化塑造的隐存物种（*M. leidyi* 和 *M. gardeni*），从而为理解开阔大洋中物种形成与适应的基因组机制提供了关键证据。
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Soft selective sweeps predominate in the yellow fever mosquito Aedes aegypti
该研究利用机器学习方法发现，埃及伊蚊主要通过软选择性清除（而非传统的硬选择性清除）来适应环境压力（如杀虫剂），这一发现揭示了该物种快速适应的潜力，对基于杀虫剂的病媒控制策略构成了严峻挑战。
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Breaking the species barrier: recurrent genomic introgressions from very distant lineages in a ciliate
该研究发现，纤毛虫（如*Paramecium sonneborni*）能够突破巨大的遗传分歧（同义替换率约 1/位点），通过种间杂交反复从远缘谱系获得基因组片段，其独特的体细胞核与生殖核分离机制使得外源 DNA 在体细胞发育过程中被剔除，从而在保持表型稳定的同时实现了生殖系中的基因流动。